(57) Настоящее изобретение относится к искусственным молекулярным комплексам, содержащим по меньшей мере одну сайт-специфичную нуклеазу и непосредственно взаимодействующий с ней по меньшей мере один стыковочный домен матрицы для репарации, причем указанный стыковочный домен матрицы для репарации взаимодействует по меньшей мере с одной репарационной матричной последовательностью нуклеиновой кислоты. Искусственный комплекс может дополнительно содержать по меньшей мере один взаимодействующий домен. Искусственные молекулярные комплексы выполнены с возможностью опосредования репарации последовательности ДНК-мишени в прокариотическом или эукариотическом организме с высокой точностью целенаправленным образом, и, таким образом, они могут быть использованы для геномной инженерии в прокариотической или эукариотической клетке или организме или для редактирования вирусного генома. Также предложены способы модификации по меньшей мере одной последовательности ДНК-мишени в прокариотической или эукариотической клетке или в вирусном геноме, например, для развития признака или для лечения заболевания. Кроме того, предложен способ изготовления растения, растительной клетки, растительного материала или производного, или его потомства, содержащий или отредактированный по меньшей мере одним искусственным молекулярным комплексом.