Евразийский сервер публикаций

Евразийская заявка № 202391791

   Библиографические данные
(21)202391791    (13) A1
(22)2021.12.16

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел:      


Документ опубликован 2023.10.02
Текущий бюллетень: 2023-10  
Все публикации: 202391791  

(51) C12Q 1/6881 (2018.01)
C12Q 1/6886 (2018.01)
G16B 30/00(2019.01)
(43)A1 2023.10.02 Бюллетень № 10  тит.лист, описание 
(31)20215730.1
(32)2020.12.18
(33)EP
(86)EP2021/086243
(87)2022/129360 2022.06.23
(71)МЕДИКАВЕР БИОТЕК ЛТД (CY)
(72)Коумбарис Джордж, Ахиллеос Ахиллеас, Элиадес Алексия, Лойзидес Хараламбос, Тсангарас Кириакос, Кипри Елена, Йоаннидес Мариос, Патсалис Филиппос (CY)
(74)Нилова М.И. (RU)
(54)СПОСОБЫ КЛАССИФИКАЦИИ ОБРАЗЦА ПО КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМЫМ КАТЕГОРИЯМ
   Реферат  [ENG]
(57) В настоящем изобретении предложены способы и наборы для классификации биологических образцов по клинически значимым категориям. Способ включает этапы: (i) определения в образце, содержащем множество фрагментов внеклеточной ДНК (вкДНК), координат на последовательности для начала и/или конца по меньшей мере у 100000 фрагментов вкДНК путем выравнивания с референсной последовательностью; и (ii) определения в референсной последовательности всех мотивов нуклеиновой кислоты, состоящих из тринуклеотидов, тетрануклеотидов и пентануклеотидов. Указанные нуклеотиды: (a) находятся в диапазоне от 1 до 5 пар нуклеотидов по направлению внутрь, но рядом с координатой на последовательности для каждого начала и/или конца, определенной на этапе (i), и/или (b) находятся в диапазоне от 1 до 5 пар нуклеотидов по направлению наружу, но рядом с координатой на последовательности для каждого начала и/или конца, определенной на этапе (i). Затем на третьем этапе (iii) определяют частоту (a) каждой координаты на последовательности плюс и/или минус 1 пара нуклеотидов, определенной на этапе (i), во множестве фрагментов вкДНК, содержащихся в образце, и (b) каждого из мотивов нуклеиновой кислоты, определенных на этапе (ii) a) и b), во множестве фрагментов вкДНК, содержащихся в образце. Применяя эти частоты, вычисляют отношения каждой из частот, определенных на этапе (iii) a) и b), к соответствующей референсной частоте. Для каждого упомянутого выше отношения отдельно рассчитывают диагностическую оценку. На заключительном этапе вычисляют комбинированную диагностическую оценку по меньшей мере из двух или более определенных диагностических оценок. Диагностические оценки и комбинированные диагностические оценки позволяют классифицировать образец на клинически значимые категории, а комбинированная диагностическая оценка дополнительно позволяет классифицировать внеклеточную и/или циркулирующую опухолевую ДНК в образце как содержащуюся в низком, умеренном и высоком количестве.
Zoom in