Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 045278

   Библиографические данные
(11)045278    (13) B1
(21)201990860

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел: A     


Документ опубликован 2023.11.10
Текущий бюллетень: 2023-11  
Все публикации: 045278  
Реестр евразийского патента: 045278  

(22)2017.09.28
(51) A61K 38/46 (2006.01)
A61K 48/00 (2006.01)
C12N 9/22 (2006.01)
C12N 15/11 (2006.01)
C12N 15/55(2006.01)
(43)A1 2019.10.31 Бюллетень № 10  тит.лист, описание 
(45)B1 2023.11.10 Бюллетень № 11  тит.лист, описание  последовательности 
(31)62/402,849
(32)2016.09.30
(33)US
(86)US2017/054047
(87)2018/064352 2018.04.05
(71)ТЕ РИДЖЕНТС ОФ ТЕ ЮНИВЕРСИТИ ОФ КАЛИФОРНИЯ (US)
(72)Дудна Дженифер А., Бэнфилд Джилиан Ф., Бёрнстайн Дэвид, Харрингтон Лукас Бенджамин (US)
(73)ТЕ РИДЖЕНТС ОФ ТЕ ЮНИВЕРСИТИ ОФ КАЛИФОРНИЯ (US)
(74)Фелицына С.Б. (RU)
(54)РНК-НАПРАВЛЯЕМЫЕ МОДИФИЦИРУЮЩИЕ НУКЛЕИНОВЫЕ КИСЛОТЫ ФЕРМЕНТЫ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ
   Формула 
(57) 1. Композиция для модификации целевой нуклеиновой кислоты, содержащая:
a) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
b) направляющую РНК, содержащую нуклеотидную последовательность, которая комплементарна нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, где указанный полипептид способен образовывать комплекс с указанной направляющей РНК и комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
2. Композиция по п.1, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 80% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
3. Композиция по п.1 или 2, отличающаяся тем, что направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, имеющую 80% или большую идентичность по нуклеотидной последовательности с последовательностью cr-РНК, приведенной в любой из SEQ ID NO: 11-15.
4. Композиция по п.1 или 2, отличающаяся тем, что полипептид слит с последовательностью сигнала ядерной локализации.
5. Композиция по любому из пп.1-4, отличающаяся тем, что композиция содержит липид.
6. Композиция по любому из пп.1-4, отличающаяся тем, что а) и b) находятся внутри липосомы.
7. Композиция по любому из пп.1-4, отличающаяся тем, что а) и b) находятся внутри частицы.
8. Композиция по любому из пп.1-7, содержащая одно или более из: буфера, ингибитора нуклеаз и ингибитора протеаз.
9. Композиция по любому из пп.1-8, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90% или большую идентичность с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
10. Композиция по любому из пп.1-9, отличающаяся тем, что полипептид представляет собой никазу, которая может расщеплять только одну цепь двухцепочечной молекулы целевой нуклеиновой кислоты.
11. Композиция по любому из пп.1-9, отличающаяся тем, что полипептид представляет собой каталитически неактивный полипептид.
12. Композиция по п.10 или 11, отличающаяся тем, что полипептид содержит одну или более мутаций в положении, соответствующем выбранному из: D672, Е769 и D935 из SEQ ID NO: 1.
13. Композиция по любому из пп.1-12, дополнительно содержащая донорную матричную ДНК.
14. Слитый полипептид, способный формировать комплекс с направляющей РНК, содержащейся в композиции по п.1, который содержит:
a) полипептид, который содержит аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
b) гетерологичный полипептид.
15. Слитый полипептид по п.14, отличающийся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 85% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
16. Слитый полипептид по п.14, отличающийся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
17. Слитый полипептид по любому из пп.14-16, отличающийся тем, что полипептид представляет собой никазу, которая может расщеплять только одну цепь двухцепочечной молекулы целевой нуклеиновой кислоты.
18. Слитый полипептид по любому из пп.14-17, отличающийся тем, что полипептид представляет собой каталитически неактивный полипептид.
19. Слитый полипептид по п.17 или 18, отличающийся тем, что полипептид содержит одну или более мутаций в положении, соответствующем выбранным из: D672, Е769 и D935 из SEQ ID NO: 1.
20. Слитый полипептид по любому из пп.14-19, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид слит с N-концом и/или С-концом полипептида.
21. Слитый полипептид по любому из пп.14-20, содержащий сигнал ядерной локализации.
22. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой нацеливающий полипептид, который обеспечивает связывание с компонентом клеточной поверхности на целевой клетке или целевом типе клеток.
23. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет ферментативную активность, которая модифицирует целевую ДНК.
24. Слитый полипептид по п.23, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: нуклеазной активности, метилтрансферазной активности, деметилазной активности, активности ДНК-репарации, ДНК-повреждающей активности, деаминирующей активности, дисмутазной активности, алкилирующей активности, депуринизирующей активности, окислительной активности, активности образования пиримидиновых димеров, интегразной активности, транспозазной активности, рекомбиназной активности, полимеразной активности, лигазной активности, геликазной активности, фотолиазной активности и гликозилазной активности.
25. Слитый полипептид по п.24, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: нуклеазной активности, метилтрансферазной активности, деметилазной активности, деаминирующей активности, депуринизирующей активности, интегразной активности, транспозазной активности и рекомбиназной активности.
26. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет ферментативную активность, которая модифицирует целевой полипептид, связанный с целевой нуклеиновой кислотой.
27. Слитый полипептид по п.26, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет гистон-модифицирующую активность.
28. Слитый полипептид по п.26 или 27, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: метилтрансферазной активности, деметилазной активности, ацетилтрансферазной активности, деацетилазной активности, киназной активности, фосфатазной активности, убиквитинлигазной активности, деубиквитинизирующей активности, аденилирующей активности, деаденилирующей активности, сумоилирующей активности, десумоилирующей активности, рибозилирующей активности, дерибозилирующей активности, миристоилирующей активности, демиристоилирующей активности, гликозилирующей активности (например, O-GlcNAc-трансферазы) и дегликозилирующей активности.
29. Слитый полипептид по п.28, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: метилтрансферазной активности, деметилазной активности, ацетилтрансферазной активности и деацетилазной активности.
30. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой полипептид эндосомального высвобождения.
31. Слитый полипептид по п.30, отличающийся тем, что полипептид эндосомального высвобождения содержит аминокислотную последовательность, выбранную из: GLFXALLXLLXSLWXLLLXA (SEQ ID NO: 94) и GLFHALLHLLHSLWHLLLHA (SEQ ID NO: 95), где каждый X независимо выбран из лизина, гистидина и аргинина.
32. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой транзитный пептид хлоропластов.
33. Слитый полипептид по п.32, отличающийся тем, что транзитный пептид хлоропластов содержит аминокислотную последовательность, выбранную из
Zoom in
Zoom in
34. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой белок, который повышает или снижает транскрипцию.
35. Слитый полипептид по п.34, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой домен репрессии транскрипции.
36. Слитый полипептид по п.34, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой домен активации транскрипции.
37. Слитый полипептид по любому из пп.14-21, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой белок-связывающий домен.
38. Нуклеиновая кислота, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую слитый полипептид по любому из пп.14-37.
39. Нуклеиновая кислота по п.38, отличающаяся тем, что указанная нуклеотидная последовательность функционально связана с промотором.
40. Нуклеиновая кислота по п.39, отличающаяся тем, что промотор является функциональным в эукариотической клетке.
41. Нуклеиновая кислота по п.40, отличающаяся тем, что промотор является функциональным в одной или более из: клетки растения, клетки гриба, клетки животного, клетки беспозвоночного, клетки мухи, клетки позвоночного, клетки млекопитающего, клетки примата, клетки отличного от человека примата и клетки человека.
42. Нуклеиновая кислота по любому из пп.39-41, отличающаяся тем, что промотор представляет собой один или более из: конститутивного промотора, индуцибельного промотора, специфического в отношении клеточного типа промотора и тканеспецифического промотора.
43. Нуклеиновая кислота по любому из пп.38-42, отличающаяся тем, что молекула ДНК представляет собой рекомбинантный экспрессионный вектор.
44. Нуклеиновая кислота по п.43, отличающаяся тем, что рекомбинантный экспрессионный вектор представляет собой рекомбинантный аденоассоциированный вирусный вектор, рекомбинантный ретровирусный вектор или рекомбинантный лентивирусный вектор.
45. Нуклеиновая кислота по п.39, отличающаяся тем, что промотор является функциональным в прокариотической клетке.
46. Нуклеиновая кислота по п.38, отличающаяся тем, что представляет собой мРНК.
47. Нуклеиновая кислота, содержащая:
a) нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид, где полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
b) нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК, причем направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, при этом полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК, и где комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
48. Нуклеиновая кислота по п.47, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 85% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
49. Нуклеиновая кислота по п.47, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7.
50. Нуклеиновая кислота по любому из пп.47-49, отличающаяся тем, что направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, имеющую 80% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с последовательностью cr-РНК, приведенной в любой из SEQ ID NO: 11-15.
51. Нуклеиновая кислота по любому из пп.47-50, отличающаяся тем, что полипептид слит с последовательностью сигнала ядерной локализации.
52. Нуклеиновая кислота по любому из пп.47-51, отличающаяся тем, что нуклеотидная последовательность, кодирующая направляющую РНК, функционально связана с промотором.
53. Нуклеиновая кислота по любому из пп.47-52, отличающаяся тем, что нуклеотидная последовательность, кодирующая полипептид, функционально связана с промотором.
54. Нуклеиновая кислота по п.52 или 53, отличающаяся тем, что промотор, функционально связанный с нуклеотидной последовательностью, кодирующей направляющую РНК, и/или промотор, функционально связанный с нуклеотидной последовательностью, кодирующей полипептид, является функциональным в эукариотической клетке.
55. Нуклеиновая кислота по п.54, отличающаяся тем, что промотор является функциональным в одной или более из: клетки растения, клетки гриба, клетки животного, клетки беспозвоночного, клетки мухи, клетки позвоночного, клетки млекопитающего, клетки примата, клетки отличного от человека примата и клетки человека.
56. Нуклеиновая кислота по любому из пп.53-55, отличающаяся тем, что промотор представляет собой один или более из: конститутивного промотора, индуцибельного промотора, специфического в отношении клеточного типа промотора и тканеспецифического промотора.
57. Нуклеиновая кислота по любому из пп.47-56, отличающаяся тем, что представляет собой рекомбинантный экспрессионный вектор.
58. Нуклеиновая кислота по п.57, отличающаяся тем, что рекомбинантный экспрессионный вектор выбран из: одного или более аденоассоциированных вирусных векторов, одного или более рекомбинантных ретровирусных векторов или одного или более рекомбинантных лентивирусных векторов.
59. Нуклеиновая кислота по п.53, отличающаяся тем, что промотор является функциональным в прокариотической клетке.
60. Эукариотическая клетка для модификации целевой нуклеиновой кислоты, содержащая одно или более из:
a) полипептида или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид, где полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC;
b) слитого полипептида, содержащего: i) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и ii) партнера по слиянию, или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей слитый полипептид, и
c) направляющей РНК или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей направляющую РНК, где направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, где полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК и комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
61. Эукариотическая клетка по п.60, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, при этом указанная молекула нуклеиновой кислоты интегрирована в геномную ДНК клетки.
62. Эукариотическая клетка по п.60 или 61, отличающаяся тем, что эукариотическая клетка представляет собой клетку растения, клетку млекопитающего, клетку насекомого, клетку паукообразного, клетку гриба, клетку птицы, клетку рептилии, клетку амфибии, клетку беспозвоночного, клетку мыши, клетку крысы, клетку примата, клетку отличного от человека примата или клетку человека.
63. Клетка для модификации целевой нуклеиновой кислоты, содержащая слитый полипептид, содержащий: i) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и ii) партнера по слиянию, или молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую слитый полипептид.
64. Клетка по п.63, отличающаяся тем, что клетка представляет собой прокариотическую клетку.
65. Клетка по п.63 или 64, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую слитый полипептид, при этом указанная молекула нуклеиновой кислоты интегрирована в геномную ДНК клетки.
66. Способ модификации целевой нуклеиновой кислоты, включающий в себя приведение целевой нуклеиновой кислоты в контакт с:
a) полипептидом, содержащим аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
b) направляющей РНК, содержащей направляющую последовательность, которая гибридизуется с целевой последовательностью целевой нуклеиновой кислоты,
где полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК и комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту,
при этом указанное приведение в контакт приводит к модификации целевой нуклеиновой кислоты полипептидом.
67. Способ по п.66, отличающийся тем, что указанная модификация представляет собой расщепление целевой нуклеиновой кислоты.
68. Способ по п.66 или 67, отличающийся тем, что целевая нуклеиновая кислота выбрана из: двухцепочечной ДНК, одноцепочечной ДНК, РНК, геномной ДНК и внехромосомной ДНК.
69. Способ по любому из пп.66-68, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит in vitro вне клетки.
70. Способ по любому из пп.66-68, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит внутри клетки в культуре.
71. Способ по любому из пп.66-68, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит внутри клетки in vivo.
72. Способ по п.70 или 71, отличающийся тем, что клетка представляет собой эукариотическую клетку.
73. Способ по п.72, отличающийся тем, что клетка выбрана из: клетки растения, клетки гриба, клетки млекопитающего, клетки рептилии, клетки насекомого, клетки птицы, клетки рыбы, клетки паразита, клетки членистоногого, клетки беспозвоночного, клетки позвоночного, клетки грызуна, клетки мыши, клетки крысы, клетки примата, клетки отличного от человека примата и клетки человека.
74. Способ по п.70 или 71, отличающийся тем, что клетка представляет собой прокариотическую клетку.
75. Способ по любому из пп.66-74, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт приводит к редактированию генома.
76. Способ по любому из пп.66-75, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт включает в себя внесение в клетку: (а) полипептида или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид, и (b) направляющей РНК или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей направляющую РНК.
77. Способ по п.76, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт дополнительно включает в себя: внесение в клетку донорной матричной ДНК.
78. Способ по любому из пп.66-77, отличающийся тем, что направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, имеющую 80% или большую идентичность с последовательностью cr-РНК, приведенной в любой из SEQ ID NO: 11-15.
79. Способ по любому из пп.66-78, отличающийся тем, что полипептид слит с последовательностью сигнала ядерной локализации.
80. Способ модуляции транскрипции из целевой ДНК, модификации целевой нуклеиновой кислоты или модификации белка, связанного с целевой нуклеиновой кислотой, включающий в себя приведение целевой нуклеиновой кислоты в контакт со:
a) слитым полипептидом, содержащим полипептид, слитый с гетерологичным полипептидом, где полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
b) направляющей РНК, содержащей направляющую последовательность, которая гибридизуется с целевой последовательностью целевой нуклеиновой кислоты, где полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК и где комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
81. Способ по п.80, отличающийся тем, что направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, имеющую 80% или большую идентичность с последовательностью cr-РНК, приведенной в любой из SEQ ID NO: 11-15.
82. Способ по п.80 или 81, отличающийся тем, что слитый полипептид содержит последовательность сигнала ядерной локализации.
83. Способ по любому из пп.80-82, отличающийся тем, что указанная модификация не является расщеплением целевой нуклеиновой кислоты.
84. Способ по любому из пп.80-83, отличающийся тем, что целевая нуклеиновая кислота выбрана из: двухцепочечной ДНК, одноцепочечной ДНК, РНК, геномной ДНК и внехромосомной ДНК.
85. Способ по любому из пп.80-84, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит in vitro вне клетки.
86. Способ по любому из пп.80-84, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит внутри клетки в культуре.
87. Способ по любому из пп.80-84, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт происходит внутри клетки in vivo.
88. Способ по п.86 или 87, отличающийся тем, что клетка представляет собой эукариотическую клетку.
89. Способ по п.88, отличающийся тем, что клетка выбрана из: клетки растения, клетки гриба, клетки млекопитающего, клетки рептилии, клетки насекомого, клетки птицы, клетки рыбы, клетки паразита, клетки членистоногого, клетки беспозвоночного, клетки позвоночного, клетки грызуна, клетки мыши, клетки крысы, клетки примата, клетки отличного от человека примата и клетки человека.
90. Способ по п.86 или 87, отличающийся тем, что клетка представляет собой прокариотическую клетку.
91. Способ по любому из пп.80-90, отличающийся тем, что указанное приведение в контакт включает в себя внесение в клетку: (а) слитого полипептида или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей слитый полипептид, и (b) направляющей РНК или молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей направляющую РНК.
92. Способ по любому из пп.80-91, отличающийся тем, что полипептид представляет собой каталитически неактивный полипептид.
93. Способ по любому из пп.80-92, отличающийся тем, что полипептид содержит одну или более мутаций в положении, соответствующем выбранному из: D672, Е769 и D935 из SEQ ID NO: 1.
94. Способ по любому из пп.80-93, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет ферментативную активность, которая модифицирует целевую ДНК.
95. Способ по п.94, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: нуклеазной активности, метилтрансферазной активности, деметилазной активности, активности ДНК-репарации, ДНК-повреждающей активности, деаминирующей активности, дисмутазной активности, алкилирующей активности, депуринизирующей активности, окислительной активности, активности образования пиримидиновых димеров, интегразной активности, транспозазной активности, рекомбиназной активности, полимеразной активности, лигазной активности, геликазной активности, фотолиазной активности и гликозилазной активности.
96. Способ по п.95, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: нуклеазной активности, метилтрансферазной активности, деметилазной активности, деаминирующей активности, депуринизирующей активности, интегразной активности, транспозазной активности и рекомбиназной активности.
97. Способ по любому из пп.80-93, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет ферментативную активность, которая модифицирует целевой полипептид, связанный с целевой нуклеиновой кислотой.
98. Способ по п.97, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет гистон-модифицирующую активность.
99. Способ по п.97 или 98, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: метилтрансферазной активности, деметилазной активности, ацетилтрансферазной активности, деацетилазной активности, киназной активности, фосфатазной активности, убиквитинлигазной активности, деубиквитинизирующей активности, аденилирующей активности, деаденилирующей активности, сумоилирующей активности, десумоилирующей активности, рибозилирующей активности, дерибозилирующей активности, миристоилирующей активности, демиристоилирующей активности, гликозилирующей активности (например, O-GlcNAc-трансферазы) и дегликозилирующей активности.
100. Способ по п.99, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид проявляет один или более видов ферментативной активности, выбранных из: метилтрансферазной активности, деметилазной активности, ацетилтрансферазной активности и деацетилазной активности.
101. Способ по любому из пп.80-93, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой белок, который повышает или снижает транскрипцию.
102. Способ по п.101, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой домен репрессора транскрипции.
103. Способ по п.101, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой домен активации транскрипции.
104. Способ по любому из пп.80-93, отличающийся тем, что гетерологичный полипептид представляет собой белок-связывающий домен.
105. Трансгенный, многоклеточный, отличный от человека организм для получения полипептида, содержащего аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC,
где геном указанного отличного от человека организма содержит трансген, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую указанный полипептид.
106. Трансгенный, многоклеточный, отличный от человека организм для получения слитого полипептида, содержащего: i) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и ii) партнера по слиянию,
где геном указанного отличного от человека организма содержит трансген, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую указанный слитый полипептид.
107. Трансгенный многоклеточный, отличный от человека организм по п.105 или 106, отличающийся тем, что геном организма содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК, причем направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, при этом полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК, и при этом комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
108. Трансгенный, многоклеточный, отличный от человека организм по п.105 или 106, отличающийся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 85% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC.
109. Трансгенный, многоклеточный, отличный от человека организм по п.105 или 106, отличающийся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC.
110. Трансгенный, многоклеточный, отличный от человека организм по любому из пп.105-109, отличающийся тем, что организм представляет собой растение, однодольное растение, двудольное растение, беспозвоночное животное, насекомое, членистоногое, паукообразное, паразита, червя, стрекающее, позвоночное животное, рыбу, рептилию, амфибию, копытное, птицу, свинью, лошадь, овцу, грызуна, мышь, крысу или отличного от человека примата.
111. Система для модулирования транскрипции с целевой ДНК, модификации целевой нуклеиновой кислоты или модификации белка, ассоциированного с целевой нуклеиновой кислотой, содержащая:
a) полипептид и направляющую РНК;
b) полипептид, направляющую РНК и донорную матричную ДНК;
c) слитый полипептид и направляющую РНК;
d) слитый полипептид, направляющую РНК и донорную матричную ДНК;
e) мРНК, кодирующую полипептид, и направляющую РНК;
f) мРНК, кодирующую полипептид, направляющую РНК и донорную матричную ДНК;
g) мРНК, кодирующую слитый полипептид, и направляющую РНК;
h) мРНК, кодирующую слитый полипептид, направляющую РНК и донорную матричную ДНК;
i) один или более рекомбинантных экспрессионных векторов, содержащих: i) нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид; и ii) нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК;
j) один или более рекомбинантных экспрессионных векторов, содержащих: i) нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид; ii) нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК; и iii) донорную матричную ДНК;
k) один или более рекомбинантных экспрессионных векторов, содержащих: i) нуклеотидную последовательность, кодирующую слитый полипептид; и ii) нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК; и
l) один или более рекомбинантных экспрессионных векторов, содержащих: i) нуклеотидную последовательность, кодирующую слитый полипептид; ii) нуклеотидную последовательность, кодирующую направляющую РНК, и донорную матричную ДНК,
где полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC;
где слитый полипептид включает: i) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и ii) партнера по слиянию, и
где направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, причем полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК, и при этом комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
112. Система по п.111, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 85% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC.
113. Система по п.111, отличающаяся тем, что полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 95% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC.
114. Система по любому из пп.111-113, отличающаяся тем, что донорная матричная нуклеиновая кислота имеет длину от 8 до 1000 нуклеотидов.
115. Система по любому из пп.111-113, отличающаяся тем, что донорная матричная нуклеиновая кислота имеет длину от 25 до 500 нуклеотидов.
116. Набор, содержащий систему по любому из пп.111-115, для модулирования транскрипции с целевой ДНК, модификации целевой нуклеиновой кислоты или модификации белка, ассоциированного с целевой нуклеиновой кислотой.
117. Набор по п.116, отличающийся тем, что компоненты набора находятся в одном контейнере.
118. Набор по п.116, отличающийся тем, что компоненты набора находятся в разных контейнерах.
119. Стерильный контейнер для включения в набор по п.116, содержащий систему по любому из пп.111-115.
120. Стерильный контейнер по п.119, отличающийся тем, что контейнер представляет собой шприц.
121. Имплантируемое устройство для модуляции транскрипции с целевой ДНК, модификации целевой ДНК или модификации белка, ассоциированного с целевой ДНК, содержащее систему по любому из пп.111-115.
122. Имплантируемое устройство по п.121, отличающееся тем, что система находится в матрице.
123. Имплантируемое устройство по п.121, отличающееся тем, что система находится в резервуаре.
124. Композиция для модификации целевой нуклеиновой кислоты, содержащая:
а) нуклеиновую кислоту, содержащую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид, где полипептид включает аминокислотную последовательность, имеющую 50% или большую идентичность по аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC; и
б) одну или несколько молекул ДНК, содержащих нуклеотидные последовательности, кодирующие направляющую РНК, при этом направляющая РНК содержит нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности в целевой нуклеиновой кислоте, где полипептид способен образовывать комплекс с направляющей РНК, при этом комплекс способен связывать целевую нуклеиновую кислоту.
125. Композиция по п.124, отличающаяся тем, что содержит липид.
126. Композиция по п.124, отличающаяся тем, что а) и b) находится внутри липосомы.
127. Композиция по п.124, в которой а) и b) находятся внутри частицы.
128. Композиция по любому из пп.125-127, содержащая одно или несколько из следующего: буфер, ингибитор нуклеазы и ингибитор протеазы.
129. Композиция по любому из пп.125-128, отличающаяся тем, что кодируемый полипептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90% или большую идентичность с любой из аминокислотных последовательностей от SEQ ID NO: 1 до SEQ ID NO: 7, и три частичных домена RuvC, которые образуют единый домен RuvC.
130. Композиция по любому из пп.125-129, отличающаяся тем, что кодируемый полипептид представляет собой никазу, способную расщеплять только одну цепь двухцепочечной молекулы целевой нуклеиновой кислоты.
131. Композиция по любому из пп.125-129, отличающаяся тем, что кодируемый полипептид представляет собой каталитически неактивный полипептид.
132. Композиция по п.130 или 131, отличающаяся тем, что кодируемый полипептид содержит одну или несколько мутаций в положении, соответствующем тем, которые выбраны из: D672, Е769 и D935 SEQ ID NO: 1.
133. Композиция по любому из пп.125-132, дополнительно содержащая донорную матричную ДНК.