Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 045521

   Библиографические данные
(11)045521    (13) B1
(21)202090584

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел: C     


Документ опубликован 2023.11.30
Текущий бюллетень: 2023-11  
Все публикации: 045521  
Реестр евразийского патента: 045521  

(22)2018.08.24
(51) C12Q 1/68 (2018.01)
C12N 15/113(2010.01)
(43)A1 2020.06.05 Бюллетень № 06  тит.лист, описание  последовательности 
(45)B1 2023.11.30 Бюллетень № 11  тит.лист, описание  последовательности 
(31)62/550,462; 62/575,901; 62/667,356; 62/671,745
(32)2017.08.25; 2017.10.23; 2018.05.04; 2018.05.15
(33)US; US; US; US
(86)US2018/048031
(87)2019/040923 2019.02.28
(71)СТОУК ТЕРАПЬЮТИКС, ИНК. (US)
(72)Азнарез Изабель, Хань Чжоу (US)
(73)СТОУК ТЕРАПЬЮТИКС, ИНК. (US)
(74)Медведев В.Н. (RU)
(54)АНТИСМЫСЛОВЫЕ ОЛИГОМЕРЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ СОСТОЯНИЙ И ЗАБОЛЕВАНИЙ
   Формула 
(57) 1. Способ усиления экспрессии белка Nav1.1 в клетке, содержащей пре-мРНК, которая содержит индуцирующий нонсенс-опосредованный распад РНК экзон (экзон NMD) и кодирует белок Nav1.1, предусматривающий контакт терапевтического средства с клеткой, посредством чего терапевтическое средство способствует исключению экзона NMD из кодирующей белок Nav1.1 пре-мРНК, тем самым увеличивая содержание процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1,
причем терапевтическое средство представляет собой антисмысловой олигомер (ASO) или вектор, содержащий последовательность, кодирующую ASO;
ASO содержит последовательность, которая комплементарна целевой части пре-мРНК, которая содержит NMD экзон и которая кодирует белок Nav1.1;
экзон NMD расположен в области от GRCh37/hg19: chr2:166,863,740 до GRCh37/hg19: chr2:166,863,803; и
причем целевая часть:
(i) находится внутри интронной последовательности, фланкирующей экзон NMD;
(ii) по меньшей мере, частично перекрывается с экзоном NMD или
(iii) находится в пределах экзона NMD.
2. Способ лечения заболевания или состояния у нуждающегося в этом субъекта путем усиления экспрессии белка Nav1.1 в клетке субъекта, предусматривающий контактирование клетки субъекта с терапевтическим средством, которое способствует исключению индуцирующего нонсенс-опосредованный распад РНК экзона (экзона NMD) из пре-мРНК в клетке, которая содержит экзон NMD и кодирует белок Nav1.1, тем самым увеличивая содержание процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, и увеличивая экспрессию белка Nav1.1 в клетке субъекта;
причем заболевание или состояние связано со сниженной экспрессией или функцией белка Nav1.1, кодируемого геном SCN1A, у субъекта;
терапевтическое средство представляет собой антисмысловой олигомер (ASO) или вектор, содержащий последовательность, кодирующую ASO;
ASO содержит последовательность, которая комплементарна целевой части пре-мРНК, которая содержит NMD экзон и которая кодирует белок Nav1.1;
экзон NMD расположен в области от GRCh37/hg19: chr2:166,863,740 до GRCh37/hg19: chr2:166,863,803; и
причем указанная целевая часть:
(i) находится внутри интронной последовательности, фланкирующей экзон NMD;
(ii) по меньшей мере, частично перекрывается с экзоном NMD или
(iii) находится в пределах экзона NMD.
3. Способ по п.1 или 2, при котором терапевтическое средство:
(a) связывается с указанной целевой частью;
(b) модулирует связывание фактора, вовлеченного в исключение экзона NMD из пре-мРНК; или
(c) является комбинацией (а) и (b).
4. Способ по п.3, при котором терапевтическое средство препятствует связыванию фактора, участвующего в исключении экзона NMD из области целевой части.
5. Способ по п.3, при котором целевая часть проксимальна к экзону NMD.
6. Способ по п.5, при котором целевая часть находится самое большее приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50 нуклеотидов выше против хода транскрипции от 5'-конца экзона NMD.
7. Способ по п.5, при котором целевая часть находится по меньшей мере приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50, приблизительно на 40, приблизительно на 30, приблизительно на 20, приблизительно на 10, приблизительно на 5 нуклеотидов, приблизительно на 4, приблизительно на 2, приблизительно на 1 нуклеотид выше против хода транскрипции от 5'-конца экзона NMD.
8. Способ по п.5, при котором целевая часть находится самое большее приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50 нуклеотидов ниже по ходу транскрипции от 3'-конца экзона NMD.
9. Способ по п.5, при котором целевая часть находится по меньшей мере приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50, приблизительно на 40, приблизительно на 30, приблизительно на 20, приблизительно на 10, приблизительно на 5 нуклеотидов, приблизительно на 4, приблизительно на 2, приблизительно на 1 нуклеотид ниже по ходу транскрипции от 3'-конца экзона NMD.
10. Способ по п.3, при котором целевая часть расположена в интронной области между двумя каноническими экзонными областями кодирующей Nav1.1 мРНК с экзоном NMD, и причем интронная область содержит экзон NMD.
11. Способ по п.3, при котором целевая часть, по меньшей мере, частично перекрывается с экзоном NMD.
12. Способ по п.3, при котором целевая часть, по меньшей мере, частично перекрывается с интроном выше против хода транскрипции от экзона NMD.
13. Способ по п.3, при котором целевая часть содержит 5'-соединение экзона NMD с интроном или 3'-соединение экзона NMD с интроном.
14. Способ по п.3, при котором целевая часть находится в пределах экзона NMD.
15. Способ по п.3, при котором целевая часть содержит приблизительно 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более последовательных нуклеотидов экзона NMD.
16. Способ по п.1 или 2, при котором кодирующая белок Nav1.1 пре-мРНК содержит последовательность с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере приблизительно 80, 85, 90, 95, 97 или 100% по отношению к любой из SEQ ID NO: 2 или 7-10.
17. Способ по п.1 или 2, при котором кодирующая белок Nav1.1 пре-мРНК кодируется генетической последовательностью с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере приблизительно 80, 85, 90, 95, 97 или 100% по отношению к SEQ ID NO: 1 или 3-6.
18. Способ по п.5, при котором целевая часть находится самое большее приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50 нуклеотидов выше против хода транскрипции от геномного сайта GRCh37/hg19: chr2:166863803.
19. Способ по п.5, при котором целевая часть находится приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50, приблизительно на 40, приблизительно на 30, приблизительно на 20, приблизительно на 10, приблизительно на 5 нуклеотидов, приблизительно на 4, приблизительно на 2, приблизительно на 1 нуклеотид выше против хода транскрипции от геномного сайта GRCh37/hg19: chr2:166863803.
20. Способ по п.5, при котором целевая часть находится самое большее приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50 нуклеотидов ниже по ходу транскрипции от геномного сайта GRCh37/hg19: chr2:166863740.
21. Способ по п.5, при котором целевая часть находится приблизительно на 500, приблизительно на 400, приблизительно на 300, приблизительно на 200, приблизительно на 100, приблизительно на 80, приблизительно на 70, приблизительно на 60, приблизительно на 50, приблизительно на 40, приблизительно на 30, приблизительно на 20, приблизительно на 10, приблизительно на 5 нуклеотидов, приблизительно на 4, приблизительно на 2, приблизительно на 1 нуклеотид ниже по ходу транскрипции от геномного сайта GRCh37/hg19: chr2:166863740.
22. Способ по п.3, при котором целевая часть кодирующей белок Nav1.1 пре-мРНК содержит последовательность с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 80, 85, 90, 95, 97 или 100% по отношению к области, содержащей по меньшей мере 8 смежных нуклеиновых кислот с последовательностью SEQ ID NO: 2 или 7-10.
23. Способ по п.1 или 2, причем ASO содержит последовательность, которая по меньшей мере приблизительно на 80, 85, 90, 95, 97 или 100% идентична любой из SEQ ID NO: 32-35, 39, 40, 42-45, 49-51, 54-59, 66, 221-224, 228, 229, 231-234, 238-240, 243-248, 255, 304-308, 312-316, 318-324, 326-335, 337-346, 350-354, 356-362, 364-373 или 375-379.
24. Способ по п.3, при котором целевая часть кодирующей белок Nav1.1 пре-мРНК находится в экзоне NMD.
25. Способ по п.3, при котором целевая часть кодирующей белок Nav1.1 пре-мРНК с экзоном NMD находится выше против хода транскрипции или ниже по ходу транскрипции от экзона NMD.
26. Способ по п.3, при котором целевая часть пре-мРНК содержит экзон-интронное соединение экзона NMD.
27. Способ по п.1, при котором исключение экзона NMD из процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, в клетке, контактирующей с терапевтическим средством, увеличивается в число раз, составляющее от приблизительно 1,1 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,5 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 9 раз, по меньшей мере приблизительно в 1,1, по меньшей мере приблизительно в 1,5, по меньшей мере приблизительно в 2, по меньшей мере приблизительно в 2,5, по меньшей мере приблизительно в 3, по меньшей мере приблизительно в 3,5, по меньшей мере приблизительно в 4, по меньшей мере приблизительно в 5 или по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по сравнению с исключением экзона NMD из процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, в контрольной клетке.
28. Способ по п.1, при котором терапевтическое средство повышает содержание процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, в клетке.
29. Способ по п.1, при котором количество процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, в клетке, контактирующей с терапевтическим средством, увеличивается в число раз, составляющее от приблизительно 1,1 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,5 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 9 раз, по меньшей мере приблизительно в 1,1, по меньшей мере приблизительно в 1,5, по меньшей мере приблизительно в 2, по меньшей мере приблизительно в 2,5, по меньшей мере приблизительно в 3, по меньшей мере приблизительно в 3,5, по меньшей мере приблизительно в 4, по меньшей мере приблизительно в 5 или по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по сравнению с общим количеством процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1 в контрольной клетке.
30. Способ по п.1, при котором терапевтическое средство увеличивает экспрессию белка Nav1.1 в клетке.
31. Способ по п.1, при котором количество белка Nav1.1, производимого в клетке, контактирующей с терапевтическим средством, увеличивается в число раз, составляющее от приблизительно 1,1 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,5 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 10 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 1,1 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 5 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 2 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 6 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 3 до приблизительно 9 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 7 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 8 раз, от приблизительно 4 до приблизительно 9 раз, по меньшей мере приблизительно в 1,1, по меньшей мере приблизительно в 1,5, по меньшей мере приблизительно в 2, по меньшей мере приблизительно в 2,5, по меньшей мере приблизительно в 3, по меньшей мере приблизительно в 3,5, по меньшей мере приблизительно в 4, по меньшей мере приблизительно в 5 или по меньшей мере приблизительно в 10 раз, по сравнению с общим количеством белка Nav1.1, производимого в контрольной клетке.
32. Способ по п.2, при котором заболевание или состояние индуцируется мутацией с потерей функции в Nav1.1.
33. Способ по п.32, при котором заболевание или состояние связано с гаплонедостаточностью гена SCN1A, причем у субъекта имеется первый аллель, кодирующий функциональный SCN1A, и второй аллель, из которого SCN1A не производится или производится в сниженных количествах, или второй аллель, кодирующий нефункциональный SCN1А или частично функциональный SCN1А.
34. Способ по п.32, при котором заболевание или состояние представляет собой энцефалопатию.
35. Способ по п.34, при котором энцефалопатия представляет собой эпилептическую энцефалопатию.
36. Способ по п.32, при котором заболевание или состояние представляет собой синдром Драве (DS); тяжелую миоклоническую эпилепсию младенчества (SMEI) - пограничную форму (SMEB); фебрильные судороги (FS); эпилепсию, генерализованную, с фебрильными судорогами плюс (GEFS+); эпилептическую энцефалопатию, раннюю детскую, 13; криптогенную генерализованную эпилепсию; криптогенную фокальную эпилепсию; эпилепсию с миоклонико-астатическими приступами; синдром Леннокса-Гасто; синдром Веста; идиопатические судороги; раннюю миоклоническую энцефалопатию; прогрессирующую миоклоническую эпилепсию; альтернирующую гемиплегию детского возраста; неклассифицированную эпилептическую энцефалопатию; внезапную неожиданную смерть при эпилепсии (SUDEP); синдром слабости синусового узла 1; аутизм или злокачественные мигрирующие парциальные приступы младенчества.
37. Способ по п.36, при котором GEFS+ представляет собой генерализованную эпилепсию с фебрильными судорогами плюс типа 2.
38. Способ по п.36, при котором фебрильные судороги представляют собой фебрильные судороги, семейные, 3А.
39. Способ по п.36, при котором SMEB представляет собой SMEB без генерализованной спайк-волны (SMEB-SW), SMEB без миоклонических судорог (SMEB-М), SMEB без более чем одного признака SMEI (SMEB-O) или стойкую эпилепсию детей с генерализованными тонико-клоническими судорогами (ICEGTC).
40. Способ по п.32, при котором терапевтическое средство способствует исключению экзона NMD из процессированной мРНК, кодирующей белок Nav1.1, и увеличивает экспрессию SCN1A в клетке.
41. Способ по п.1 или 2, при котором ASO содержит модификацию остова, содержащую фосфоротиоатную связь или фосфородиамидатную связь.
42. Способ по п.1 или 2, при котором ASO содержит фосфородиамидат морфолино, блокированную нуклеиновую кислоту, пептидную нуклеиновую кислоту, 2'-O-метил, 2'-фтор или 2'-О-метоксиэтильный фрагмент.
43. Способ по п.1 или 2, при котором ASO содержит по меньшей мере один модифицированный фрагмент сахара.
44. Способ по п.1 или 2, при котором ASO состоит из от 8 до 50, от 8 до 40, от 8 до 35, от 8 до 30, от 8 до 25, от 8 до 20, от 8 до 15, от 9 до 50, от 9 до 40, от 9 до 35, от 9 до 30, от 9 до 25, от 9 до 20, от 10 до 50, от 10 до 40, от 10 до 35, от 10 до 30, от 10 до 25, от 10 до 20, от 10 до 15, от 11 до 50, от 11 до 40, от 11 до 35, от 11 до 30, от 11 до 25, от 11 до 20, от 11 до 15, от 12 до 50, от 12 до 40, от 12 до 35, от 12 до 30, от 12 до 25 или от 12 до 15 нуклеотидных оснований.
45. Способ по п.3, при котором ASO по меньшей мере на 80, по меньшей мере на 85, по меньшей мере на 90, по меньшей мере на 95, по меньшей мере на 98, по меньшей мере на 99 или на 100% комплементарен целевой части кодирующей белок Nav1.1 пре-мРНК.
46. Способ по п.1, причем способ дополнительно предусматривает оценку экспрессии мРНК или белка SCN1А.
47. Способ по п.2, при котором субъект представляет собой человека.
48. Способ по п.2, при котором субъект представляет собой отличного от человека животного.
49. Способ по п.2, при котором субъект представляет собой плод, эмбрион или ребенка.
50. Способ по п.1 или 2, при котором клетки находятся ex vivo.
51. Способ по п.2, при котором терапевтическое средство вводят субъекту путем интратекальной инъекции, интрацеребровентрикулярной инъекции, внутрибрюшинной инъекции, внутримышечной инъекции, подкожной инъекции, интравитреальной или внутривенной инъекции.
52. Способ по п.2, причем способ дополнительно предусматривает введение второго терапевтического средства субъекту.
53. Способ по п.52, при котором второе терапевтическое средство представляет собой небольшую молекулу.
54. Способ по п.52, при котором второе терапевтическое средство представляет собой ASO.
55. Способ по п.54, при котором ASO содержит последовательность, которая по меньшей мере приблизительно на 80, 85, 90, 95, 97 или 100% комплементарна любой из SEQ ID NO: 115-161.
56. Способ по п.52, при котором второе терапевтическое средство устраняет удержание интрона.
57. Способ по п.2, при котором заболевание или состояние представляет собой болезнь Альцгеймера, энцефалопатию SCN2A, энцефалопатию SCN8A или аритмию SCN5A.
58. Способ по п.28 или 30, при котором заболевание или состояние представляет собой болезнь Альцгеймера, энцефалопатию SCN2A, энцефалопатию SCN8A или аритмию SCN5A.
59. Способ по п.1 или 2, при котором ASO связан с фрагментом, который включает в себя нуклеотид с удаленным азотистым основанием, простой полиэфир, полиамин, полиамид, пептид, углевод, липид или полиуглеродное соединение или антитело к рецептору трансферрина.
Zoom in